凝膠遷移或電泳遷移率實驗（EMSA-electrophoretic mobility shift assay）是一種研究DNA結合蛋白和其相關的DNA結合序列相互作用的技術，可用于定性和定量分析。這一技術初用于研究DNA結合蛋白，目前已用于研究RNA結合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。
EMSA技術是基于DNA/蛋白質或RNA/蛋白質復合物在聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）中有不同遷移率的原理。首先讓蛋白質與末端標記的核酸探針結合，然后在跑PAGE膠，結合了蛋白質的復合物比未結合蛋白質的探針電泳的速度要慢，這樣，從PAGE膠的電泳結果就可以判斷，該蛋白是否和特定序列結合或者該序列是否和蛋白結合。
EMSA轉膜的步驟：
a. 取一和EMSA膠大小相近或略大的尼龍膜，剪角做好標記，用0.5XTBE浸泡至少10分鐘。尼龍膜自始至終僅能使用鑷子夾取，并且僅可夾取不可能接觸樣品的邊角處。
b. 取兩片和尼龍膜大小相近或略大的濾紙，用0.5XTBE浸濕。
c. 把浸泡過的尼龍膜放置在一片浸濕的濾紙上，注意避免尼龍膜和濾紙間產生氣泡。
d. 非常小心地取出EMSA膠放置到尼龍膜上，注意確保膠和膜之間沒有氣泡。
e. 再把另外一片浸濕的濾紙放置到EMSA膠上，注意確保濾紙和膠之間沒有氣泡。
f. 采用Western時所使用的濕法電轉膜裝置或其它類似的電轉膜裝置，以0.5XTBE為轉膜液，把EMSA膠上的探針、蛋白以及探針和蛋白的復合物等轉移到尼龍膜上。對于大小約為10x8x0.1cm的EMSA膠，用BioRad的常用的Western轉膜裝置，電轉時可以設置為380mA(約100V)轉膜30-60分鐘。如果膠較厚，則需適當延長轉膜時間。轉膜時需保持轉膜液的溫度較低，通?？梢园央娹D槽置于4C冷庫或置于冰浴或冰水浴中進行電轉，這樣可以確保低溫。具體的電轉膜方法請參考電轉膜裝置的使用說明。
g. 轉膜完畢后，小心取出尼龍膜，樣品面向上，放置在一干燥的濾紙上，輕輕吸掉下表面明顯的液體。立即進入下一步的交聯步驟，不可使膜干掉。
紫外交聯的步驟：
a. 用紫外交聯儀(UV crosslinker UCL-3500)選擇254nm紫外波長，120mJ/cm2，交聯25-60秒(根據經驗，建議交聯30秒)。如果沒有紫外交聯儀可以使用普通的手提式紫外燈(例如美國路陽的手提紫外檢測儀LEC-280)，距離膜5-10厘米左右照射3-10分鐘。也可以使用超凈工作臺內的紫外燈，距離膜5-10厘米左右照射3-15分鐘。
b. 紫外交聯完畢后，可以直接進入下一步檢測；也可以用保鮮膜包裹后在室溫干燥處存放3-5天，然后再進入下一步檢測。
c. 如果檢測結果發現交聯效果不佳，甚至連free probe的條帶都非常微弱，可以考慮在膜干燥后參考步驟A的條件再交聯一次，以進一步改善交聯效果。
上圖：UCL-3500紫外交聯儀
UCL-3500紫外交聯儀是美國LUYOR公司生產的一款大功率紫外交聯儀，安裝有6根15w 254nm紫外線燈管，上海峰志儀器有限公司現貨供應。
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