rna紫外交聯強度是多少?
RNA紫外交聯強度通常為120mJ/cm2.
紫外線進行光交聯反應
光化學反應是指物質在可見光或紫外線照射下,物質分子吸收光子后所引發的化學反應。而基于光化學反應的光交聯則是其重要應用之一。光交聯反應是指將合成的光敏小分子化合物作為工具探針,在特定波長的光照射下,產生高活性的中間體,與其受體活性部位形成特異性的不可逆共價鍵結合的化學反應。
在分子生物學中,常使用紫外線進行光交聯反應,用于鄰近分子的交聯。紫外線為波長在10nm至400nm之間的電磁波。紫外交聯主要介導蛋白質與RNA的分子共價連接,常用紫外線波長有254nm和365nm兩種。其中254nm UV照射下,RNA 中的核苷酸和蛋白質中的氨基酸會產生光化學反應,轉變為活性狀態,進而形成分子間共價交聯,不過254nm UV介導的分子交聯效率偏低(HIST-CLIP使用254nm UV進行交聯);而365nm UV則可以介導光敏分子,例如4SU與蛋白質的高效交聯(PAR-CLIP使用365nm+4SU進行交聯)。
紫外交聯免疫沉淀
紫外交聯免疫沉淀(crosslinking-immunprecipitation, clip) 結合高通量測序,即CLIP-Seq又稱為HITS-CLIP。
CLIP- Seq,全稱為cross linking-immun precipitation and high throughput sequencing,意思是紫外交聯免疫沉淀結合高通量測序,是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結合蛋白相互作用的技術,其主要原理是基于RNA分子與RNA結合蛋白在紫外照射下發生耦聯,以RNA結合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質復合體沉淀之后,回收其中的RNA片段,經添加接頭、RT-PCR等步驟,再對這些分子進行高通量測序和生物信息學的分析,進而深入揭示RNA結合蛋白與RNA分子的調控作用及其對生命的意義。